WNT ma miejsce, gdy nabywca towarów jest polskim podatnikiem podatku VAT lub druga opcja, gdy nabywca towarów to podatnik od wartości dodanej, któremu nabyte towary mają pomóc w prowadzeniu działalności. Ponadto WNT ma miejsce, gdy nabywca towarów jest osobą prawną, ale nie będącą podatnikiem.
Warto wiedzieć, że obowiązek podatkowy dla przedsiębiorcy w kwestii WNT jest taki sam jak przy wystawieniu standardowej faktury VAT, a więc nie później jak do 15 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym nastąpiła dostawa dóbr, który jest jednocześnie przedmiotem wewnątrzwspólnotowego nabycia.

Wystawianie faktury WNT nie różni się niczym od standardowej faktury VAT. W pierwszej kolejności musi zostać zawarta data wystawienia z kolejnym numerem faktury. Nie można pominąć danych dotyczących nadawcy oraz odbiorcy, a więc imię i nazwisko, adres oraz numer NIP. Zawarta musi zostać informacja o towarze, z uwzględnieniem nazwy, ceny netto, ilości danego towaru oraz stawce podatku. Jeśli odbiorca otrzymał rabaty, należy również umieścić informację o kwocie należności, pomniejszonej o wskazane rabaty. Bardzo często zawarty zostaje adres e-mail bądź numer telefonu, który przydatny jest w razie ewentualnych błędów w fakturze. Dane te umożliwiają szybki kontakt oraz poprawę nieścisłości.

Transakcja WNT może zostać rozliczona nawet bez otrzymania faktury WNT, a przyczyną tego jest zasada, że to nabywca jest zobowiązany do uregulowania podatku należnego, który powstał podczas zakupu danego towaru.
Zgodnie z ustawą o VAT, brak faktury nie jest przeszkodą do opodatkowania transakcji oraz ujęcia jej w deklaracji VAT za miesiąc, w którym dana transakcja miała miejsce, nawet jeśli faktura nie została dostarczona do 15 dnia miesiąca. Brak faktury nie jest problemem, gdyż informacje te można zaczerpnąć chociażby ze złożonego zamówienia lub oferty, którą przedstawił sprzedawca, albo wynikającej z tej oferty, korespondencji.

Istnieją sytuacje, kiedy faktura WNT jest otrzymana z opóźnieniem, istnieją trzy możliwości. Jednym z nich jest dotarcie faktury do podatnika, która dostarczona została z datą wystawienia w miesiącu dokonania dostawy. Może się to wiązać z koniecznością korekty deklaracji VAT, gdyż obowiązek podatkowy, został rozliczony z miesięcznym wyprzedzeniem.
Kolejny przykład to otrzymanie faktury wnt, która została wystawiona z datą w miesiącu, który ma miejsce dopiero po dostawie między 1 a 14 dniem tego miesiąca. W tej sytuacji, obowiązek podatkowy występuje dopiero w miesiącu, który następuje po dostawie.
Ostatnia sytuacja to otrzymanie faktury z datą po 15 dniu miesiąca, który następuje po miesiącu dostawy. Postępowanie jest takie samo, jak w sytuacji, gdy dokumentu nie otrzyma się wcale. Co znaczy, że obowiązek podatkowy powstał 15 dnia miesiąca, który następuje po miesiącu, w którym dane towary zostały doręczone, a data wystawienia faktury, nie ma znaczenia.